La costruzione del palazzo risale all’inizio del XIII secolo. Considerando il suo stile, risalente al periodo veneziano, con molta probabilità l’edificio fu commissionato da una delle numerose famiglie veneziane che si stabilirono in quel periodo ad Agnone, forse al seguito di Landolfo Borrello.

Nel 1264 Carlo I d’Angiò divise in due la signoria di Agnone, concedendone una metà a Riccardo Annibaldi e, nel 1266, l’altra metà a Ligorio e Ruggero Minutolo conti di Anglone che vennero a stabilirsi ad Agnone, probabilmente proprio nel palazzo Nuonno. Non si hanno fonti certe, anche se molti elementi inducono a supporre che questo palazzo alla fine del XIII secolo fosse la residenza dei Minutolo: tra questi vi sono proprio i tre leoni di pietra recanti lo stemma del casato dei conti.

Fonti certe ci dicono che nel 1796 il palazzo fu abitato dalla famiglia Cocucci, che lo cedette in seguito a Domenico Nuonno, capostipite dell’ultima famiglia proprietaria prima dell’acquisto del palazzo da parte del Comune.