A causa della scarsità di documenti e fonti storiche, è difficile risalire ad una precisa data di edificazione della chiesa di S. Maria di Faifoli: probabilmente è collocabile intorno all’XI secolo.

Un’altra teoria vuole invece la chiesa fondata prima dell’anno 1000, ad opera di monaci beneventani.

Il riferimento storico più antico che abbiamo è un’iscrizione collocata su un capitello del portale d’ingresso alla chiesa, in base alla quale sappiamo che il portale fu realizzato nel 1260 dal maestro Buonuomo.

Del monastero benedettino annesso alla chiesa, ora scomparso, si hanno notizie a partire dal 1134, come pure sappiamo che venne abbandonato nel 1825.