La badia è di stile "romanico molisano", stile che conobbe la sua massima diffusione nella regione tra il XIII ed il XIV secolo.

Gli interventi di trasformazione e ristrutturazione che si sono susseguiti nel corso dei secoli hanno creato un edificio stilisticamente complesso, dove si riflette una bella integrazione tra i diversi elementi architettonici esistenti.

Della chiesa preromanica restano alcuni particolari elementi decorativi che arricchiscono antichi blocchi di pietra inseriti nella struttura di fondazione della canonica, nel campanile, nel portico d'ingresso e nelle delimitazioni di una tomba.

La facciata a capanna è in pietra, di stile semplice e lineare. Questa linearità è rotta da archetti ciechi e lesene, poggiate su una base di pietra.
Il portale è in pietra di stile neoclassico al quale si accede mediante due gradini. Questo elemento appare di dimensioni piuttosto sproporzionate rispetto al complesso della facciata e fuori stile.

Il motivo di questa "incoerenza stilistica" ha una spiegazione di carattere meramente funzionale: l'ampliamento del portale, infatti, è stato necessario per agevolare l'ingresso e l'uscita della statua della Vergine dalla chiesa, operazione questa, che avviene ancora oggi due volte all'anno.

Sopra il portale è collocata una piccola volta affrescata con l'immagine della Madonna.
Ai lati della volta, "ritrovate" sotto uno spesso strato di intonaco, vi sono quattro bucature convergenti verso l'abside centrale, che creano bei giochi di luce perfettamente orientati. Nella parte alta della facciata, infine, è posto un rosone senza raggi, molto semplice.

Il prospetto posteriore esterno, corrispondente alla zona absidale centrale, è arricchito da archetti ciechi e paraste poggiate su base di pietra, che richiamano lo stesso elemento decorativo della facciata principale.

L'interno della chiesa è molto semplice, a tre navate divise da archi a tutto sesto.

Con gli ultimi lavori di restauro, le pareti interne sono state depurate dagli intonaci, che le rivestivano sin dal 1700 ed ora sono in pietra.

Per evidenziare i ritrovamenti archeologici rinvenuti sotto le fondazioni, inoltre, nel pavimento, anch'esso in pietra, sono state create delle aree a vista, protette da cristallo temperato, che permettono la visibilità delle zone archeologiche più interessanti.

La navata centrale, con volta a botte a lunette prende luce da alcune finestre laterali e si conclude con l'abside centrale, illuminata da una stretta monofora.

Le navate laterali hanno invece, le volte a crociera. Dalla navata di sinistra si accede al battistero a pianta quadrata, con quattro pilastrini che sostengono gli archi a tutto sesto al cui centro si apre una cupola.

La chiesa custodisce al suo interno una preziosa ara pagana del 79 a.C..
Dall'interno della chiesa si accede alla cappella di San Michele risalente al XVIII secolo. Non è certo se la cappella costituisca un elemento costruito ex novo nel 1700 o se sia frutto del restauro di un precedente edificio. La sua volta è decorata con affreschi.