La chiesa è in stile romanico pugliese e assomiglia molto alla basilica di S. Nicola di Bari.
Sulla facciata principale vi è una sola finestra a feritoia con due occhioni laterali, che danno all'insieme il carattere di una chiesa-fortezza di stile normanno. 

Soltanto in epoca successiva, sulla facciata principale, è stata creata un'altra finestra a feritoia.

In basso si trova l'ingresso della cripta di S. Margherita.

La chiesa superiore si apre con due porte laterali ed una mediana. Soltanto il portale sul lato sud, riservato ai feudatari, presenta qualche elemento decorativo.

L'interno è a navata unica, formata da quattro campate coperte da volta a crociera, divise da archi ogivali.
Le campate sono diseguali, due quadrate e due rettangolari; sul lato destro vi sono altre tre piccole campate irregolari.

La chiesa di S. Giacomo si presenta oggi completamente priva di decorazioni, lasciando a vista la sua struttura in pietra. 

Sul lato sinistro dell'unica navata sono presenti alcuni resti di affreschi che fanno supporre che in passato fosse tutta affrescata, come la cripta.

I capitelli dei pilastri e delle colonnine sono diversi gli uni dagli altri.

Di recente, sulle pietre che formano l'arco della campata d'ingresso, sono state rinvenute lettere dell'alfabeto fenicio e punico, oggi oggetto di studio. La chiesa ospita un crocifisso ligneo di XII secolo.

Nella cripta dedicata a S. Margherita di Scozia le pareti sono coperte da affreschi, anche se rovinati in più punti dall'umidità. Sono tuttora ben riconoscibili le scene della Natività.

Nella cripta vi è anche un altare di periodo romano, costituito da un unico blocco pietra.