L'attuale chiesa di "Canneto", con molta probabilità, è stata costruita su un preesistente edificio di culto, riedificato, dopo essere stato distrutto da un incendio. 
Le prime notizie risalgono intorno al 706.
Un diploma, citato nel Chronicon Vulturnense, narra della donazione di una chiesa, fatta da Gisulfo I, duca di Benevento (688-706), ai Benedettini di S. Vincenzo al Volturno.

Un passaggio di tale diploma faceva intendere che una chiesa, quella della Vergine Maria presso il fiume Trigno, era stata distrutta da un incendio, e abbandonata da tutti gli abitanti della zona. Gisulfo I si riferiva evidentemente alla chiesa di Canneto, non essendoci sul posto altro monumento con la stessa denominazione.

E' chiaro quindi che la chiesa di Canneto esisteva ancor prima del 706, pur non essendo ancora di proprietà dei benedettini.

La ricostruzione e risistemazione dell'odierna chiesa di S. Maria di Canneto fu realizzata intorno al secolo XII, secondo i canoni del architettura romanica, forse, da manovalanze poco competenti, che non si preoccuparono eccessivamente di curare l'estetica e l'armonia delle forme dell'edificio.

I lavori eseguiti sulla struttura, quindi le attività costruttive e decorative degli elementi architettonici, furono all'insegna della linearità e semplicità.
Nonostante ciò, l'impegno dimostrato e la grande devozione nell'operare, furono comunque intensi.
Prima della vicenda costruttiva del XII secolo, che è poi quella più importante, nel corso dei secoli, ve ne furono altre che, nell'alternarsi delle tecniche e delle conoscenze, hanno contribuito all'evoluzione stilistica della badia.

Nei secoli VI e VII la chiesa di Canneto, il cui edificio pare fosse proprio quello, che subì l'incendio nell'VIII secolo, si presentava di piccole dimensioni, costituita da una sola navata e con un'unica abside.

Nel IX secolo la chiesa venne ingrandita tanto che alla navata centrale vennero aggiunte due navate laterali.
S. Maria di Canneto raggiunse una notevole l'ampiezza, in quanto l'edificio venne prolungato in avanti e furono aumentate le arcate.

L'edificio toccò i 22,5 m. di lunghezza quando davanti la facciata principale della chiesa venne realizzato un portico.
Nel X secolo fu eretto il campanile, che originariamente era molto più basso di quello attuale, ed allineato al resto della chiesa; ci fu la demolizione del portico con la creazione di una quinta arcata.
Ci fu un ulteriore prolungamento della chiesa con la creazione di un nuovo portico, che sostituì il precedente, portando così l'edificio ad una lunghezza di 25,50 m.
Nel XII secolo la chiesa venne arricchita della sesta arcata, la prima partendo dall'ingresso, e il portico nuovamente demolito.
Con queste trasformazioni il campanile risultò di nuovo arretrato rispetto al prospetto della chiesa, posizionato com'era in corrispondenza della seconda arcata del monumento. 

Il XII secolo fu il periodo in cui avvennero le trasformazioni, che definirono una volta per tutte l'assetto strutturale della chiesa di Canneto.
Ciò dipese dallo sviluppo dell'edilizia sacra, che in tale periodo cominciò ad assumere un carattere ben preciso: le maestranze divennero più esperte e affinarono le tecniche costruttive, che avevano soprattutto dagli artisti del vicino Abruzzo.
Superata la crisi economica e culturale che non aveva permesso il libero sfogo alla crescita artistica e architettonica, ebbe inizio la rinascita culturale e economica del XII.
In questo secolo, l'Europa è un cantiere aperto, si costruiscono cattedrali dovunque, una più bella dell'altra, simboli di fede e di rinascita economica e sociale.
In questi anni che S. Maria del Canneto assume la fisionomia definitiva, anche se nel corso dei secoli ha subito diverse trasformazioni.

Gli ultimi interventi furono quelli degli anni 30' di Don Duilio Lemme: come quelli relativi al rosone e alla lunetta che, seppur poco rilevanti dal punto di vista strutturale, hanno comunque segnato un ulteriore passaggio importante della vita architettonica del monumento.