La costruzione dell’edificio originario risale alla fine del XIII secolo.

La chiesa fu affidata ai monaci Basiliani, ma questi furono costretti a lasciare l’edificio nel 1554, quando papa Sisto V abolì questo ordine monastico.

Lasciato in stato di abbandono, S. Nicandro trovò un nuovo possessore solo intorno al 1573, quando  la struttura fu affidata ai Padri Cappuccini. Con l’ingresso dei Cappuccini si diede inizio ai lavori di costruzione del convento, annesso alla chiesa.

Come i Basiliani qualche secolo prima, anche i Cappuccini furono costretti nel 1811 a lasciare il convento, a seguito della soppressione degli ordini religiosi. Solo dopo 5 anni, con la restaurazione della Monarchia Borbonica nel Regno di Napoli, i monaci riuscirono a riprenderne possesso.

Intorno agli anni 1950-1960, i padri Cappuccini misero in cantiere una serie di importanti lavori di ristrutturazione, destinati a stravolgere completamente la struttura della chiesa e del convento, eliminando molti elementi architettonici  dell’antica chiesa romanica.

Il convento venne interamente demolito ed al suo posto fu costruito un edificio in mattoncini rossi. Il chiostro interno al convento e il bel pozzo furono distrutti. Alla facciata della chiesa, che venne completamente rinnovata, venne aggiunto un timpano in pietra, destinato ad accogliere la statua di S. Nicandro. Sul timpano, sopra il rosone venne posta una croce illuminata a neon. Accanto alla facciata fu costruito il campanile in pietra, sulla cui punta a piramide fu posta una statua dorata della Madonna.